1、永遠無法徹底消毒
母豬產床小散養豬，受資金和場地困擾大多會把豬圈利用到極限，因為圈里一直有豬在，養豬設備所以只能也必須使用能帶畜消毒的消毒水。還是因為有豬在，導致一些圈舍死角無法做到徹底消毒。時間長了細菌會慢慢繁殖，導致豬只(尤其是母豬)免疫力低下，長期處于亞健康狀態，空懷不孕時有發生。豬場設備并且一旦發生疫情基本都會在劫難逃。
2、交叉感染
自繁自養意味著每個月都會有豬出生，也都會有仔豬轉入育肥欄。而仔豬因為自身免疫力低很容易發生疾病，一些傳染類疾病很可能由小豬擴散全群。
3、無法選擇出欄時間
一旦豬價低迷連選擇養牛豬的機會都沒有，因為你不賣大豬小豬就沒有圈。如果你選擇賣仔豬又因為豬肥豬價低則仔豬價格也會低，現在賠錢賣掉仔豬然后去賭將來牛豬的價格我以為不是一個好的決定。
4、一旦發生疫情無法做到與外界有效隔離
小散養豬基本上沒有閑圈。即使發生疫情(參考第3條)你也必須要賣豬。那些殺豬的什么豬都殺，當然包括病死豬，母豬產床而小散根本不具備徹底消毒的條件，很容易在賣豬時把病菌招到家。
5、養母豬對經驗要求高
在廣大豬民感嘆豬越來越難養時忘了最難養的還是母豬。肥豬養殖期一般4-5個月，而母豬需要5-6年甚至更長。所以平時對母豬的保健防疫必須慎之又慎，人說“養母豬如養情人”此言不虛。另初生仔豬的發病率也越來越高，如果你沒有豐富的經驗很容易竹籃打水一場空。
6、成本高
養母豬要添置母豬產床、保溫箱等設備，一旦你選擇轉行時就得跳樓大甩賣，這就意味著即使你現在賺到手里的錢也不完全是你的。還有比如北方冬季你必須配備加溫設備，(即使你的保溫箱30度如果豬舍溫度低仔豬一樣會生病)母豬產床而這些設備如果你賣的話是不會按照10年折舊的價的。
